2008年中国奶制品污染事件
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2008年9月，三鹿集团生产的一批婴幼儿奶粉中被查出含有化工原料三聚氰胺，导致中国各地多名服食受污染奶粉的婴儿患上肾结石。而伊利生产的婴幼儿奶粉、液态奶和雪糕产品中也同样被检出含三聚氰胺[11][12]。9月17日，伊利集团发表声明，对这些批次的产品给消费者带来的影响表示歉意[13]。
2008年9月19日，中国国家质检总局宣布撤销蒙牛、伊利和光明三个牌子液态奶产品的“中国名牌”产品称号[14]。
事後，伊利撤出包括香港在內的海外市場。[15]
2012年伊利奶粉汞含量异常事件
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2012年6月14日，伊利集团宣布因部分批次产品汞含量异常，紧急召回其在2011年11月-2012年5月内生产的全优2、3、4段乳粉[16]。
2014年“四家工厂落榜”事件
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2014年5月29日，国家食品药品监督管理总局公布了婴幼儿配方乳粉“考卷”结果，133家接受生产许可审查的企业中，82家顺利通过，51家因各种原因“落榜”。其中内蒙古伊利实业集团股份有限公司、石河子伊利乳业有限责任公司、黑龙江伊利乳业有限责任公司和杜尔伯特伊利乳业有限责任公司武汉分公司4家伊利旗下工厂未出现在榜单中。受到利空消息影响，伊利股份表现低迷，截止6月3日，伊利股份报31.32元，跌7.75%。股价创近10个月新低。数据显示，伊利股份总股本20.4亿股，今天每股下跌2.63元，以此计算，伊利股份市值蒸发53.65亿元。针对媒体报道，伊利股份旗下四家工厂未通过婴幼儿配方乳粉生产许可审查一事，伊利股份发布公告称，报道中提到的4家工厂不在公司提交的生产许可审查名单中，是因为它们不需要申请获得婴幼儿配方乳粉生产许可证[17][18][19]。
2018年3至5月谣言案[20][21]
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自媒体人刘成昆在微信公众号上发布连载小说《出乌兰记》，影射伊利集团领导层，文章发布后被疯狂转载，造成伊利的牧场、原材料供应商销售数据下降。3月26日谣言出现当天，伊利股份盘中价格振幅达9.95%，公司市值当日减少60.78亿元，给广大投资者造成了损失。[22]。3月26日晚，呼和浩特公安机关接到伊利公司及其董事长潘刚报案。随后呼和浩特公安机关依法开展侦查，以涉嫌寻衅滋事罪、诽谤罪将犯罪嫌疑人邹光祥、刘成昆抓获。[23][24]
内蒙古公安跨省抓捕刘成昆后，伊利股票随即大跌，2018年4月27日，伊利开盘集合竞价阶段股价已从29.2元跌到27.9元，接近跌停。至于公众关心的董事长潘刚的去向，伊利集团发布的公告并未透露消息，2017年年报的审议董事会议仍然以通讯方式举行。[25]刘成昆代理律师指，创作小说不构成犯罪，刘成昆被跨省抓捕的消息在中国网络上引发热议，网民联想到中共中央总书记习近平的父亲、身为开国元勋的习仲勋，因给小说《刘志丹传》做序，被指“利用小说反党”。[26][27]与此同时，伊利的产品遭到了中国网民的抵制。[28][29]刘成昆在法庭上提到警察对其脱光搜身，连续提审一周让其上官媒央视认罪，精神面临崩溃。[30]2018年10月24日，内蒙古自治区呼和浩特市回民区法院以“寻衅滋事罪” 分别判处邹光祥和刘成昆一年和八个月刑期。记者无国界组织呼吁中国当局立即释放这两名财经记者，无国界记者东亚办事处执行长艾玮昂（Cédric Alviani）说，“这两名新闻工作者只是恪守职责，将重要信息带给公众。他们为此失去自由，这着实骇人听闻。”[31]
降低检验标准传闻
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2020年7月10日，一篇《深扒蒙牛、伊利6大罪状，媒体不敢说，那就我来说》的文章在中国大陆网络流传[32]，该文指出多家乳企(包括蒙牛集团)“降低检验标准”。随后中国乳制品工业协会强烈要求国家有关部门立即删除该文章，取消该微信号，责承作者公开承认错误并向伊利、蒙牛及中国乳制品行业道歉，以消除影响。[33]对于该文中控诉的内容，没有证据能够证明文章真实性[34]。现行的乳品安全国家标准于2010年3月26日由卫生部批准公布。2008年12月，卫生部牵头会同农业部、国家标准委、工业和信息化部、工商总局、质检总局、食品药品监管局等部门和中国疾病预防控制中心、轻工业联合会、中国乳制品工业协会、中国奶业协会等单位成立了乳品安全国家标准整合完善工作开始即组成的协调小组，负责对乳品安全国家标准进行整合完善。
奥运相关广告物料出错
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2024年8月3日（巴黎奥运会期间），有网民爆料，在郑钦文、樊振东和孙颖莎的比赛开始前，伊利已在北京三里屯大屏幕投放了“祝贺郑钦文网球女子单打项目摘银”“恭喜樊振东夺得男单金牌”“孙颖莎夺得女单金牌”的物料内容。同日晚，伊利在社交媒体发布致歉公告，表示是“提前测试大屏投放效果，导致物料不合时宜露出”[35]。